Mitokondri, 1898’de Carl Benda tarafından hücre iç yapısı çalışmasından alınmıştır ve 1904 yılında Friedrich Meves tarafından hücrelerdeki bitkilerde ilk kaydedilen mitokondri bilgileri oluşturulmuştur.1908’de Friedrich Meves ve Claudius Regaud, lipit ve protein içerdiğini gösterdi.
Bununla birlikte, keşif hakkında iki spekülasyon vardır: otojen ve endosimbiyotik.Otojen hipotezinde, prokaryotlar ile dallanma döneminde DNA’nın bir kısmını ökaryotik hücrenin çekirdeğinden ayırmak suretiyle mitokondri oluşturuldu; Bu DNA segmenti, proteinler tarafından geçilemeyen zarlarla sınırlanmış olurdu.
